Le Laboratoire de Bactériologie de l'Hôpital des Enfants de Bordeaux a été l'un des premiers en France à s'intéresser aux Campylobacters en 1979. Durant les années 80, nous avons mené plusieurs études sur le rôle des Campylobacters dans les diarrhées de l'enfant dans les pays en développement, soutenues par : l'OMS (Vietnam), la Communauté Européenne (Burkina Faso) et le Ministère français des Affaires Etrangères (Algérie).

En France, nous avons mis en place un réseau hospitalier de surveillance des infections à Campylobacter avec l'aide du Groupe d'Etudes Epidémiologiques et Prophylactiques (GEEP). Ce réseau soutenu par le Ministère de la Santé dès 1986 a permis d'obtenir les premières données épidémiologiques sur cette infection dans notre pays, et notre laboratoire est devenu Centre National de Référence en 1993, renouvelé en 1998 et 2002. En 2002, le système de surveillance a été étendu aux laboratoires de ville.

Helicobacter pylori a été découvert en 1982, et classé initialement dans le genre Campylobacter. Pour cette raison, nous avons été amenés à étudier cette bactérie qui avait une niche écologique différente de celle des autres Campylobacters. C'est seulement en 1989 qu'un nouveau genre a été créé pour cette bactérie avec comme espèce principale H. pylori.

La localisation géographique du centre a changé lors de la fermeture de l'Hôpital des Enfants de Bordeaux en 1992. Le CNR est actuellement à cheval sur les locaux du laboratoire de Bactériologie de l'Université Victor Segalen Bordeaux 2 et du Laboratoire de Bactériologie de l'Hôpital Pellegrin.

Campylobacters

Mission d'expertise

1. Identification et typage des souches de Campylobacters
- Identification des souches de Campylobacters
- Typage des souches de Campylobacters
2. Maintien et diffusion des souches
3. Etudes dans le cadre de la recherche appliquée
4. Information et formation

Contribution à la surveillance

1. Surveillance des caractéristiques des infections à Campylobacters
2. Surveillance de la résistance des Campylobacters aux agents anti-infectieux
3. Collaboration avec les réseaux nationaux de surveillance chez l'animal
4. Contribution aux réseaux de surveillance européens et internationaux

Alerte

Conseil

Mission d'expertise

1. Identification et typage des souches de Campylobacters

Identification des souches de Campylobacters

- Système de tests phénotypiques développés au laboratoire à la fin des années 1980.
- PCR utilisant des amorces spécifiques pour C. jejuni et C. coli développées en collaboration avec l'Institut Pasteur de Paris (Dr Guesdon).
- Elles sont mises en œuvre systématiquement pour la confirmation de l'identification des souches de Campylobacters adressées.
- La méthode d'hybridation développée également en collaboration avec l'Institut Pasteur de Paris (Dr Guesdon) qui permettait d'identifier les souches posant problème (environ 10 %) est maintenant remplacée par une technique de séquençage basée sur l'ARN ribosomal 16S.

Typage des souches de Campylobacters

- Un typage biochimique est effectué systématiquement. Il permet de classer les souches en 4 biotypes.
- En cas de situation épidémique, le laboratoire peut mettre en œuvre les méthodes moléculaires suivantes :

1) RAPD. Nous avons une expérience de cette méthode déjà utilisée dans le passé, notamment dans une étude de la variabilité comparée des souches de Campylobacters d'origine alimentaire et humaine.
2) PCR-RFLP sur le gène fla peut être mise en œuvre. Méthode standardisée par les membres du réseau européen Campynet.

 

 

2. Maintien et diffusion des souches

Le Centre maintient congelées les souches types des différentes espèces de Campylobacters rencontrées chez l'homme, ainsi que d'autres souches de référence.
Ces souches peuvent être distribuées sur demande.
Toutes les souches reçues depuis 1986 sont conservées congelées à -80°C, soit plusieurs milliers de souches de Campylobacters.

3. Etudes dans le cadre de la recherche appliquée

Le Centre participe à la mise au point et à l'évaluation des nouvelles techniques de diagnostic, d'identification et de typage des souches :

- réévaluation des profils phénotypiques d'identification des Campylobacters en tenant compte des nouvelles espèces décrites ;
- développement de PCR pour le diagnostic des Arcobacters et pour confirmer le diagnostic de C. fetus ;
- développement d'une méthode de PCR en temps réel (LightCycler^®) pour identifier les Campylobacters sur la base de la température de fusion des amplicons en utilisant des sondes spécifiques ;
- étude des mutations responsables de la résistance à certains antibiotiques (macrolides, fluoroquinolones) également par une méthode de PCR en temps réel (LightCycler^®) ;

 

4. Information et formation

Le Centre contribue à la formation et à la diffusion des informations concernant les bactéries concernées.
Il participe notamment aux formations de l'Institut Pasteur de Lille, à l'interface de la bactériologie médicale et alimentaire.
Des formations sont organisées pour les responsables des laboratoires de ville en association avec l'Association des Biologistes d'Aquitaine.

Contribution à la surveillance

1. Surveillance des caractéristiques des infections à Campylobacters

Depuis 1986, un réseau de laboratoires hospitaliers, universitaires et généraux, adresse des souches avec des informations sur les malades ou bien, dans certains cas (C. jejuni), seulement les informations.
Ces informations comportent l'âge, le sexe du malade, le lieu de résidence, la date d'isolement et le type du prélèvement ainsi que les symptômes observés et des informations sur l'origine possible de la contamination, notamment l'existence de cas groupés ou de voyages à l'étranger.
Les laboratoires qui participent à ce réseau sur une base volontaire sont disséminés de manière homogène sur tout le territoire métropolitain. Ce réseau nous a permis d'obtenir des informations sur les infections graves à Campylobacters en France.
Nous recommandons à tous les laboratoires qui nous consultent sur un problème d'identification de nous adresser leurs souches atypiques.
En avril 2002, nous avons mis en place un réseau de surveillance des infections à Campylobacter basé sur les laboratoires de ville, en association étroite avec l'Institut de Veille Sanitaire. Les Laboratoires participant déjà à la surveillance des infections à Salmonella ont été contactés et ceux qui recherchent systématiquement les Campylobacters ont été recrutés sur une base volontaire.
La surveillance des infections à Campylobacter diagnostiquées à l'hôpital a également été étendue en 2003 à d'autres laboratoires.
Une étude cas-témoin sur les facteurs de risque des infections à Campylobacter a été mise en place par l'InVS basée sur ces réseaux de surveillance.

2. Surveillance de la résistance des Campylobacters aux agents anti-infectieux

La résistance des Campylobacters aux macrolides, aux tétracyclines et aux fluoroquinolones est particulièrement importante à suivre car ce sont des composés utilisés pour traiter ces infections.
La résistance aux fluoroquinolones a montré une évolution régulière qui semble aller en parallèle à l'utilisation plus importante de ces antibiotiques dans la communauté, mais qui s'est maintenant stabilisée.

3. Collaboration avec les réseaux nationaux de surveillance chez l'animal

Nous sommes associés à un projet ACTIA coordonné par l'association Aérial qui consiste à comparer l'évolution de la résistance des Campylobacters, d'origine alimentaire, aux antibiotiques entre 1992-93 et 2001-2, ainsi qu'à un projet de l'AFSSA de Ploufragan, qui étudie les mécanismes de résistance des Campylobacters d'origine aviaire.
Nous sommes responsables du groupe de travail Campylobacter dépendant du Comité d'Expert Spécialisé Microbiologie de l'AFSSA visant à mener une étude quantitative du risque d'infection à Campylobacter, essentiellement sur la base de l'étude de la consommation de produits aviaires. Le Rapport devrait être publié en 2003.

4. Contribution aux réseaux de surveillance européens et internationaux

Nous avons participé au réseau Campynet, financé par la Communauté Européenne qui avait pour but de comparer les méthodes de typage des Campylobacters.
Nous avons également participé à une conférence de l'OMS sur le sujet en novembre 2000.
Les données du CNR sont transmises aux réseaux européens ou internationaux s'intéressant aux Campylobacters via l'Institut de Veille Sanitaire.

Alerte
Les cas groupés d'infection à Campylobacter sont signalés sur une base hebdomadaire à l'Institut de Veille Sanitaire. En cas de détection de phénomènes épidémiques, d'apparition d'un nouvel agent pathogène, ou d'une forme clinique inhabituelle, le Centre prévient l'Institut de Veille Sanitaire et la Direction Générale de la Santé.

Conseil
Le directeur du Centre est à la disposition de l'Institut de Veille Sanitaire et de la Direction Générale de la Santé pour participer à l'élaboration de mesures de lutte contre les maladies concernées chaque fois que cela est nécessaire.

Hélicobacters

Mission d'expertise

1.Identification et typage des souches d'Hélicobacters
-Identification des souches d'Hélicobacters
-Typage des souches d'Hélicobacters
2. Maintien et diffusion des souches
3. Etudes dans le cadre de la recherche appliquée
4. Information et formation

Contribution à la surveillance

1. Surveillance des caractéristiques des infections
2. Surveillance de la résistance aux agents anti-infectieux
3. Contribution aux réseaux de surveillance internationaux

Conseil

Tests respiratoires à l'urée marquée au Carbone 13

Mission d'expertise

1. Identification et typage des souches d'Hélicobacters

-Identification des souches d'Hélicobacters
Les souches de H. pylori ne posent pas de problème d'identification, mais posent des problèmes de transport. Pour cette raison, notre rôle actuel et à venir est plutôt de prodiguer des conseils pour permettre la pousse de ces bactéries (milieu de culture, atmosphère et temps d'incubation, modalités de conservation).
En revanche, de nouvelles espèces d'Hélicobacters dits entéro hépatiques ont été récemment décrites et posent des problèmes de culture et d'identification.
Nous avons développé une méthode PCR basée sur l'ARN ribosomal 16S qui permet de détecter ces bactéries notamment au niveau du foie et de l'intestin. Dans les cas positifs, l'identification de l'espèce se fait par séquençage, et/ou par hybridation avec des sondes spécifiques. Nous pouvons ainsi détecter les espèces de H. bilis, H. pullorum et H. rappini mis en cause dans les pathologies hépatiques ainsi que d'autres espèces décrites à ce jour uniquement chez l'animal : H. hepaticus, H. muridarum. Bien que ces espèces soient réputées difficiles à cultiver, nous avons un programme de mise en culture systématique, notamment sur des cultures de cellules eucaryotes.

-Typage des souches d'Hélicobacters

Les mêmes méthodes moléculaires de typage que pour les Campylobacters utilisant la RAPD et la PCR-RFLP des gènes ureA et ureB sont utilisées. L'application consiste surtout à étudier la diffusion d'une souche dans un milieu familial et la différenciation entre récidive et réinfection en cas de récurrence d'une infection.

-Etude sérologique
La recherche des IgG anti-H. pylori par ELISA est pratiquée en routine au CNR depuis de nombreuses années ainsi que l'immunoblot.

2. Maintien et diffusion des souches

Le Centre maintient congelées les souches types des principales espèces d'Hélicobacters ainsi que toutes les souches isolées depuis 1984, soit plusieurs milliers, provenant de diverses pathologies.
Ces souches peuvent être distribuées sur demande. Toutefois, du fait de la nécessité d'envoyer ces souches congelées et des restrictions liées à la sécurité, cette diffusion est difficile et limitée.

3. Etudes dans le cadre de la recherche appliquée

Le Centre participe à la mise au point et à l'évaluation des nouvelles techniques de diagnostic, d'identification et de typage des souches.

- Développement d'une méthode de PCR-hybridation permettant de détecter H. pylori et son éventuelle résistance aux macrolides directement à partir des biopsies en 2 heures. Cette technique utilise des amorces spécifiques de l'ARN ribosomal 23S de H. pylori et des sondes s'hybridant dans la zone où les mutations décrites surviennent. Le signal est mesuré au LightCycler®.
- Recherche des gènes qui sous-tendent la résistance au métronidazole et en particulier du rôle du gène frxA.
- Recherche de gènes de H. pylori qui pourraient être spécifiques de la maladie développée, en particulier de l'adénocarcinome et du lymphome gastrique du MALT, par différentes méthodes moléculaires, notamment l'hybridation soustractive. La mise en évidence de tels gènes permettrait de disposer de marqueurs de souches.

 

4. Information et formation

Notre Centre contribue à la formation et à la diffusion de l'information concernant les bactéries concernées.
Un cours international sur les techniques appliquées à H. pylori a été organisé en 1994. Les protocoles ont été publiés dans un livre en 1996. Ce livre a été très diffusé en France.
Un ouvrage sur Helicobacter pylori en 2 tomes publiés en 1996 et 1997, en langue française, a été coordonné par le responsable du Centre et distribué à plusieurs milliers d'exemplaires.
Nous avons participé entre autres à une plaquette technique sur les méthodes de routine utilisables pour H. pylori et, en France, une brochure pour l'information des médecins généralistes a aussi été publiée.
Plusieurs revues sur H. pylori et les antibiotiques, en langue française et anglaise ont été réalisées.

Contribution à la surveillance

1. Surveillance des caractéristiques des infections

Notre Centre a participé à plusieurs enquêtes nationales utilisant la sérologie pour déterminer la prévalence de l'infection à H. pylori chez différentes catégories de malades.
Nous participons également à l'identification des souches de H. pylori dans le cas des lymphomes gastriques du MALT dans le cadre du protocole national du Groupe d'Etude des Lymphomes Digestifs de la Fédération Française de Cancérologie Digestive.
De plus, le Centre est impliqué dans une étude sur le rôle de l'infection à H. pylori dans la rechute des infarctus du myocarde ainsi que dans l'étude nationale SUVIMAX pour déterminer si l'infection à H. pylori est associée à un risque augmenté de maladie coronaire.

2. Surveillance de la résistance aux agents anti-infectieux

Un grand espoir est né suite à la reconnaissance de H. pylori comme agent étiologique des maladies gastroduodénales, de pouvoir guérir ces maladies avec des traitements antibiotiques.
Mais l'on est actuellement confronté à un risque d'échec dû à l'augmentation des résistances. La bonne utilisation des antibiotiques dans cette indication constitue un défi pour ces prochaines années, et donc la surveillance des résistances devient une mission essentielle.
Nous avons mis en place en 1997, avec l'aide de l'industrie pharmaceutique, une surveillance active au niveau national. Environ un quart des gastroentérologues ont participé en envoyant la biopsie d'un malade détecté H. pylori positif par un test rapide pour effectuer une culture et une étude de la sensibilité aux antibiotiques (macrolides, nitroimidazoles et amoxicilline). Les CMI ont été déterminées par la méthode de dilution en agar.
Cette étude a été reprise en 2000 mais cette fois sans soutien, ce qui nous a amené à n'avoir la collaboration que de 90 gastroentérologues.

3. Contribution aux réseaux de surveillance internationaux

Nous avons contribué à un réseau de surveillance européen de la sensibilité de H. pylori aux antibiotiques en 1997. Ce réseau sera remis en place en 2003 en utilisant la même méthodologie.
Notre Centre coordonne le projet Eurohepygast du programme Biomed 1 de la Communauté Européenne. Ce projet a consisté à suivre l'évolution de malades souffrant de gastrite (90 % sont dues à H. pylori) et à déterminer les facteurs qui conduisent à une évolution vers l'ulcère ou l'atrophie gastrique, durant 3 ans. A la fin des 3 ans, le comité de surveillance a décidé de proposer un traitement d'éradication à tous ces malades et un suivi de 2 autres années afin d'apprécier l'évolution de la gastrite atrophique après éradication. Cette deuxième phase est actuellement proche de son terme.

Conseil

Tests respiratoires à l'urée marquée au Carbone 13